La sanidad en la unidad de producción y la inocuidad del producto tendrán mayor control en el sistema sincronizado de producción por la facilidad que conlleva la siembra periódica bimestral de peces evitando poblaciones densas con peces en la mismas tallas aumentando la competencia por espacio, demanda de oxigeno y alimento, lo que traería como
consecuencia nerviosismo y propensión a enfermedades.

Existen enfermedades causadas por hongos, parásitos, virus y bacterias patógenas en acuacultura, estas ultimas son un numero muy reducido, y la mayoría de ellas son gram negativas, aunque existen algunos gérmenes gram positivos importantes, además muchas bacterias son oportunistas, pues forman parte de la biota normal del agua o del pez como por ejemplo: Aeromona hydropyla, Mixobacterias, etc. En cultivos semi-intensivos e intensivos las Tilapias adquieren enfermedades de dos tipos. Por agentes patógenos como ya se menciono con anterioridad y por carencias nutricionales. Se enferman mas fácilmente por agente patógenos, esto es debido por la sobre densidad de peces por metro cúbico, así como a la degradación del estanque (descomposición del agua dentro del estanque).
Sin embargo una vez establecida la enfermedad es preciso eliminarla a pesar de las numerosas dificultades que esto representa.
Debido a lo antes expuesto es necesario dar a conocer algunos tipos más comunes de enfermedades, los agentes que las causan, la sintomalogía que presentan y el tratamiento más adecuado para su curación.

A continuación un cuadro con las enfermedades mas comunes para la tilapia en estanque.

Los estanques requieren de vigilancia permanente por su dimensión,
evitando la presencia de predadores (aves, mamíferos, reptiles).

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