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Se trata de una de las especies de langostinos más grandes (las hembras pueden alcanzar los 27 cm de longitud) y se encuentran en los océanos Índico y Pacífico. En Japón, se consideran un manjar y han sido un producto importante de la pesca y la acuicultura (especialmente en Okinawa) desde principios del siglo XX. Pero un gran problema con las granjas camaroneras es que la alta densidad del animal hace que las enfermedades se propaguen rápidamente.
Una enfermedad preocupante es una infección viral llamada enfermedad de la mancha blanca, que es uno de los patógenos más amenazadores para la acuicultura del camarón en todo el mundo. Es letal y muy contagioso; los brotes han acabado con granjas enteras en tan solo unos días.
«Estamos interesados ??en la relación entre los animales de la acuicultura y las bacterias y virus relacionados con enfermedades», explicó el Dr. Eiichi Shoguchi, líder de grupo en la Unidad de Genómica Marina de OIST. «Tener este recurso genético a mano podría ser útil para producir una línea de camarones o vacunas resistente a enfermedades».
Con el apoyo de la Sección de Secuenciación de ADN de OIST, los investigadores utilizaron dos técnicas diferentes, secuenciación del genoma y secuenciación del transcriptoma, para producir este recurso genético. Su trabajo fue publicado en G3: Genes l Genomes l Genetics .
Un genoma es el conjunto completo de información genética que se encuentra en cada célula. Se subdivide en genes . Estos genes están formados por pares de bases de ADN y cada gen contiene las instrucciones necesarias para crear una proteína y, por lo tanto, conduce al cuidado y mantenimiento adecuados de una célula. Para que se lleven a cabo las instrucciones, primero se debe transcribir el ADN en ARN. Un transcriptoma es una colección de todas estas lecturas de genes. De alguna manera, el transcriptoma puede considerarse un reflejo del genoma. Algunos genes pueden estar relacionados con la resistencia a enfermedades y algunos individuos pueden contener variaciones de estos genes que conducen a una resistencia más fuerte. Si se pueden identificar estos genes, entonces sería posible establecer una línea de camarones resistente a enfermedades.
En primer lugar, los investigadores se centraron en descifrar el genoma. Tomaron un camarón kuruma de una granja comercial en Okinawa y generaron las secuencias iniciales. Esto produjo muchas secuencias de ADN cortas que, aunque útiles, no proporcionaron a los investigadores suficientes pistas para unirlas. Básicamente, tenían todas las piezas de un rompecabezas, pero no tenían forma de armarlo. Luego utilizaron una segunda tecnología para producir secuencias de ADN más largas, pero menos precisas: el andamiaje del genoma. Al unir las dos secuencias, pudieron ensamblar un borrador del genoma.
Después de esto, los investigadores analizaron 49 muestras de ARN de diferentes individuos de camarones (incluidos adultos y larvas). Esto les proporcionó 66.406 lecturas de genes de alta calidad: el borrador del transcriptoma.
«El genoma del camarón kuruma nos proporciona un catálogo completo de genes relacionados con la inmunidad», explicó el Sr. Satoshi Kawato, autor principal del artículo y Ph.D. estudiante del Laboratorio de Ciencias del Genoma de la Universidad de Ciencia y Tecnología Marinas de Tokio. «Esto nos permitirá comprender mejor cómo responden los camarones a los patógenos y ayudará a desarrollar estrategias para prevenir brotes de enfermedades. Los recursos genómicos también ayudarán a abordar varios otros aspectos de la biología del camarón, como el crecimiento y la reproducción».
Cuando se comparó su trabajo con el de los parientes del camarón kuruma, el camarón tigre gigante y el camarón patiblanco, se encontró que casi el 70% de los genes eran iguales en las tres especies, lo que significa que se ha conservado una gran cantidad de genes.
«Creemos que esto servirá como un recurso útil para futuras investigaciones para comprender la biología básica del camarón «, concluyó el Dr. Shoguchi. «Pero también podría utilizarse para la gestión de la pesca y para establecer un programa de cría».
